Creating an executable paper is a journey through Open Science

« Executable papers take transparency and openness in research communication one step further. In this comment, an early career researcher reports … Continuer la lecture de « Creating an executable paper is a journey through Open Science »

Source > nature.com, Lasser, J. Creating an executable paper is a journey through Open Science. Commun Phys 3, 143 (2020). https://doi.org/10.1038/s42005-020-00403-4

Advancing computational reproducibility in the Dataverse data repository platform

« Recent reproducibility case studies have raised concerns showing that much of the deposited research has not been reproducible. One of … Continuer la lecture de « Advancing computational reproducibility in the Dataverse data repository platform »

Source > arxiv.org, Ana Trisovic, Philip Durbin, Tania Schlatter, Gustavo Durand, Sonia Barbosa et.al., 6 mai 2020, arXiv:2005.02985v1

EPRIST – La recherche en crise de reproductibilité ? (.pdf)

« La plupart des recherches scientifiques sont fausses. Telle est la conclusion provocatrice d’un article célèbre de PLOS initialement publié en … Continuer la lecture de « EPRIST – La recherche en crise de reproductibilité ? (.pdf) »

Source > eprist.fr, Analyse I/IST n°30-Avril 2020

A Realistic Guide to Making Data Available Alongside Code to Improve Reproducibility

« (…) This paper provides practical, actionable advice on how to actually share data alongside research. The key message is sharing … Continuer la lecture de « A Realistic Guide to Making Data Available Alongside Code to Improve Reproducibility »

Source > arxiv.org, Nicholas J Tierney, Karthik Ram, 6 février 2020, arXiv:2002.11626v1

Lego: Metadata for reproducibility

« What information might you need to be able to make sense of your research in 6 months… 3 years…10 years? … Continuer la lecture de « Lego: Metadata for reproducibility »

Source > zenodo.org, Donaldson, Mary, Mahon, Matt, International Data Curation Conference 2020 (IDCC20), Dublin, 18-19 Feb 2020, 10.5281/zenodo.3685685

Curated Archiving of Research Software Artifacts : lessons learned from the French open archive (HAL)

« Software has become an indissociable support of technical and scientific knowledge. The preservation of this universal body of knowledge is … Continuer la lecture de « Curated Archiving of Research Software Artifacts : lessons learned from the French open archive (HAL) »

Source > hal.inria.fr, Roberto Di Cosmo, Morane Gruenpeter, Bruno Marmol, Alain Monteil, Laurent Romary, et al.. Curated Archiving of Research Software Artifacts : lessons learned from the French open archive (HAL). 2019. ⟨hal-02475835⟩

Org mode, un compagnon de route pour les adeptes de data science et de recherche reproductible

« En très peu de mots, Org mode pourrait être présenté comme le cousin germain des Jupyter notebooks. Org mode et … Continuer la lecture de « Org mode, un compagnon de route pour les adeptes de data science et de recherche reproductible »

Source > urfistinfo.hypotheses.org, janvier 2020

Note d’opportunité sur la valorisation des logiciels issus de la recherche. Groupe Projet « Logiciels libres et open source » Comité pour la Science Ouverte

« Le logiciel est un objet hybride au sein de la recherche, dont il est à la fois moteur (comme outil), … Continuer la lecture de « Note d’opportunité sur la valorisation des logiciels issus de la recherche. Groupe Projet « Logiciels libres et open source » Comité pour la Science Ouverte »

Source > ouvrirlascience.fr, mise en ligne janvier 2020

Hackathon Software Heritage : référencer, préserver et valoriser le code source des logiciels scientifiques (mardi 31 mars 2020, INRIA – Talence)

« Objectifs Archiver et référencer du code source en vue d’une recherche plus reproductible Partager et valoriser du code source en … Continuer la lecture de « Hackathon Software Heritage : référencer, préserver et valoriser le code source des logiciels scientifiques (mardi 31 mars 2020, INRIA – Talence) »

Source > sygefor.reseau-urfist.fr, janvier 2020

CODECHECK: An open-science initiative to facilitate sharing of computer programs and results presented in scientific publications

« (…) We are building a computational platform, called CODECHECK (http://www.codecheck.org.uk), to enhance the availability, discovery and reproducibility of published computational … Continuer la lecture de « CODECHECK: An open-science initiative to facilitate sharing of computer programs and results presented in scientific publications »

Source > septentrio.uit.no, Stephen Eglen, Daniel Nüst, No 1 (2019): The 14th Munin Conference on Scholarly Publishing 2019, DOI: https://doi.org/10.7557/5.4910

Seven Easy Steps to Open Science – An Annotated Reading List

« (…) This paper provides an introduction to open science and related reforms in the form of an annotated reading list … Continuer la lecture de « Seven Easy Steps to Open Science – An Annotated Reading List »

Source > econtent.hogrefe.com, Sophia Crüwell, Johnny van Doorn, Alexander Etz, Matthew C. Makel, et al., Zeitschrift für Psychologie (2019), 227, pp. 237-248. https://doi.org/10.1027/2151-2604/a000387.

Publishers’ Responsibilities in Promoting Data Quality and Reproducibility

« Scholarly publishers can help to increase data quality and reproducible research by promoting transparency and openness. Increasing transparency can be … Continuer la lecture de « Publishers’ Responsibilities in Promoting Data Quality and Reproducibility »

Source > link.springer.com, Iain Hrynaszkiewicz, 7 novembre 2019

Uses and Reuses of Scientific Data: The Data Creators’ Advantage

« Open access to data, as a core principle of open science, is predicated on assumptions that scientific data can be … Continuer la lecture de « Uses and Reuses of Scientific Data: The Data Creators’ Advantage »

Source > hdsr.mitpress.mit.edu, Irene V. Pasquetto, Christine L. Borgman, Morgan F. Wofford, 15 novembre 2019

Dialogu’IST, un 8e atelier le 3 décembre 2019

« Le groupe de travail Dialogu’IST du réseau Renatis vous donne rendez-vous 3 décembre de 13h à 17h pour un nouvel … Continuer la lecture de « Dialogu’IST, un 8e atelier le 3 décembre 2019 »

Source > renatis.cnrs.fr, novembre 2019

Reproducible Research through Containerisation: Docker and Singularity

« A container image is a lightweight, standalone, executable package of software that includes everything needed to run an application: code, … Continuer la lecture de « Reproducible Research through Containerisation: Docker and Singularity »

Source > github.com, Eurotech Summer School, EPFL, Lausanne, Switzerland, Rachael Ainsworth, 5 septembre 2019

Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

« Les auteurs du compte rendu se focalisent sur les solutions proposées par les intervenants de la journée d’étude du 29 … Continuer la lecture de « Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité »

Source > ouvrirlascience.fr, aout 2019

Lancement du premier laboratoire public au monde de certification de la reproductibilité de la recherche scientifique

« HEC Paris, l’Université d’Orléans et le CNRS lancent CASCaD, Certification Agency for Scientific Code and Data, le seul laboratoire public … Continuer la lecture de « Lancement du premier laboratoire public au monde de certification de la reproductibilité de la recherche scientifique »

Source > cnrs.fr, 22 juillet 2019

Le book sprint challenge : 3 jours, 5 auteurs pour rédiger un manuel en français sur la reproductibilité de la recherche

« (…) Cet ouvrage considère un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d’illustrer et de mettre en évidence … Continuer la lecture de « Le book sprint challenge : 3 jours, 5 auteurs pour rédiger un manuel en français sur la reproductibilité de la recherche »

Source > weburfist.univ-bordeaux.fr, Desquilbet, Loïc, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, Nicolas P. Rougier, Urfist de Bordeaux, 2019

Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente [MOOC]

« (…) Ce MOOC est pour vous, doctorant-e-s, chercheur-se-s , étudiant-e-s en master, enseignant-e-s, ingénieur-e-s de toutes disciplines qui souhaitez vous … Continuer la lecture de « Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente [MOOC] »

Source > fun-mooc.fr, Christophe Pouzat, Arnaud Legrand, Konrad Hinsen, 2019

Introducing eLife’s first computationally reproducible article

« In September 2017 eLife announced the start of the Reproducible Document Stack (RDS) project, a collaboration between Substance, Stencila and … Continuer la lecture de « Introducing eLife’s first computationally reproducible article »

Source > elifesciences.org, Giuliano Maciocci, Michael Aufreiter, Nokome Bentley, 20 février 2019

Open science, reproducibility, and transparency in ecology

« Reproducibility is a key tenet of the scientific process that dictates the reliability and generality of results and methods. The … Continuer la lecture de « Open science, reproducibility, and transparency in ecology »

Source > esajournals.onlinelibrary.wiley.com, Stephen M. Powers, Stephanie E. Hampton, 2018

Evaluating the replicability of social science experiments in Nature and Science between 2010 and 2015

« Being able to replicate scientific findings is crucial for scientific progress. We replicate 21 systematically selected experimental studies in the … Continuer la lecture de « Evaluating the replicability of social science experiments in Nature and Science between 2010 and 2015 »

Source > nature.com, Colin F. Camerer, Anna Dreber, Felix Holzmeister, Teck-Hua Ho, Jürgen Huber, Magnus Johannesson, Michael Kirchler, Gideon Nave, Brian A. Nosek, 27 août 2018, https://doi.org/10.1038/s41562-018-0399-z

The Landscape of Open Data Policies

« Transparency is essential for scientific progress. Access to underlying data and materials allows us to make progress through new discoveries … Continuer la lecture de « The Landscape of Open Data Policies »

Source > cos.io, David Mellor, 29 août 2018

Towards a culture of open science and data sharing in health and medical research

« This thesis investigated the factors that contribute to the cultural shift towards open science and data sharing in health and … Continuer la lecture de « Towards a culture of open science and data sharing in health and medical research »

Source > eprints.qut.edu.au, Anisa Rowhani-Farid, 21 août 2018

Open science, research indicators and reproducibility

« There’s been a flurry of reports and announcements on open science over the last few weeks. (…) At July’s Coalition … Continuer la lecture de « Open science, research indicators and reproducibility »

Source > wonkhe.com, Neil Jacobs, 8 août 2018

Émission La Méthode scientifique, Michèle Leduc (COMETS)

« Publications : pourquoi les chercheurs ont-ils tant de mal à se reproduire ? Depuis quand la reproductibilité est elle un critère fondamental … Continuer la lecture de « Émission La Méthode scientifique, Michèle Leduc (COMETS) »

Source > cnrs.fr/comets, 20 septembre 2017

Repères RSTI – Sondage auprès de 1 576 scientifiques sur la reproductibilité des résultats de recherche

« Selon un sondage mené par le Journal Nature auprès de 1 576 scientifiques, plus de 70 % des chercheurs ont échoué … Continuer la lecture de « Repères RSTI – Sondage auprès de 1 576 scientifiques sur la reproductibilité des résultats de recherche »

Source > economie.gouv.qc.ca, 6 juin 2016