24.03.2023
Mot-clé : Reproductibilité
21.03.2023
Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique
« L’objectif de cette présentation est de proposer des pistes pour rendre un projet de bioinformatique reproductible. (…) »…09.03.2023
[MOOC] Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente
« Ce Mooc propose des principes méthodologiques pour une science ouverte et transparente. Il aborde de manière pratique la prise de…29.11.2022
Why don’t we share data and code? Perceived barriers and benefits to public archiving practices
« The biological sciences community is increasingly recognizing the value of open, reproducible and transparent research practices for science and society…03.10.2022
[Outil] MEMORIA, un système d’information expérimental en ligne pour décrire des protocoles de recherche
« De quelle manière les résultats de la recherche sont-ils produits ? De quelles informations avons-nous besoin pour la traçabilité et…21.06.2022
Le cahier de laboratoire électronique, un outil au service de la science reproductible
« Le cahier de laboratoire électronique (ou ELN pour Electronic Lab Notebook) est un journal de bord utilisé pour détailler au…10.06.2022
European Commission | Directorate General for Research and Innovation: Assessing the reproducibility of research results in EU Framework Programmes for Research [Final Report]
« The objective of the study “Assessing the reproducibility of research results in EU Framework Programmes for Research” is to assist…25.04.2022
Caching and Reproducibility: Making Data Science Experiments Faster and FAIRer
« Small to medium-scale data science experiments often rely on research software developed ad-hoc by individual scientists or small teams. Often…23.02.2022
A large-scale study on research code quality and execution
« This article presents a study on the quality and execution of research code from publicly-available replication datasets at the Harvard…02.02.2022
Le langage Python en SHS [vidéo]
« Les Tuto@Mate ont reçu le mardi 4 janvier 2022 Émilien Schultz pour présenter Python en SHS. Le langage de…19.01.2022
AAP European Research Area: Increasing the reproducibility of scientific results
« (…) Projects are expected to contribute to the following expected outcomes: Structured understanding of the underlying drivers, of concrete and…04.11.2021
The Art of Publishing Reproducible Research Outputs: Supporting emerging practices through cultural and technological innovation
« Reproducibility and transparency can be regarded (at least in experimental research) as a hallmark of research. The ability to reproduce…11.10.2021
Promoting Open Science Through Research Data Management
« Data management, which encompasses activities and strategies related to the storage, organization, and description of data and other research materials,…01.09.2021
Knowledge and Attitudes Among Life Scientists Toward Reproducibility Within Journal Articles: A Research Survey
« We constructed a survey to understand how authors and scientists view the issues around reproducibility, focusing on interactive elements such…23.07.2021
Journée Recherche SIF – Reproductibilité – 10 mai 2021 [vidéos, diaporamas]
« La Société Informatique de France (SIF) a organisé une journée de présentations et d’échanges sur la reproductibilité de la recherche…24.06.2021
Writing a reproducible paper with R Markdown and Pagedown
« The present paper provides a template to write a reproducible scientific paper with R Markdown and Pagedown. Below we outline…28.05.2021
Versioning Data Is About More than Revisions: A Conceptual Framework and Proposed Principles
« A dataset, small or big, is often changed to correct errors, apply new algorithms, or add new data (e.g., as…11.05.2021
OAI12 – The Geneva Workshop on Innovations in Scholarly Communication, 6-10 September 2021
« Participation is free, so make sure to join! The main themes of this edition are: Scholarly publishing Digital research…05.05.2021
Séminaire Recherche Reproductible, 6 et 9 avril 2021, Grenoble, France [présentations, vidéos]
« Avec l’objectif de fédérer à terme un réseau de compétences autour de la thématique de la recherche reproductible dans le…12.04.2021
Journée Recherche SIF – Reproductibilité – 10 mai 2021
« La Société Informatique de France (SIF) organise une journée de présentations et d’échanges sur la reproductibilité de la recherche le…02.02.2021
Launch of German Reproducibility Network
« (…) Eight key Open Science actors in Germany founded the German Reproducibility Network. This cross-disciplinary consortium is dedicated to promote…02.02.2021
Guide for Reproducible Research
« This guide covers topics related to skills, tools and best practices for research reproducibility. The Turing Way defines reproducibility…02.02.2021
5 raisons de suivre le MOOC « Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente !
« Ce cours de l’INRIA vous donnera les clés de compréhension et les outils nécessaires afin d’acquérir de meilleures pratiques, et…29.01.2021
Knowledge Exchange: Connecting the dots between research methods, academic cultures and technical solutions: Three reflections on publishing reproducible research outputs
« A recent report by the European Commission called « on all European Member States and other relevant actors…18.11.2020
Software must be recognised as an important output of scholarly research
« (…) The article discusses the different roles that software may play in research and highlights the relationship between software and…arxiv.org, Caroline Jay, Robert Haines, Daniel S. Katz, 15 novembre 2020, arXiv:2011.07571v1
10.11.2020
ESCAPE DIOS: Development and application of an automatic workflow for the replication of scientific data
« The Major Atmospheric Gamma Imaging Cherenkov (MAGIC) Telescopes (from the Cherenkov Telescope Array – CTA –…19.10.2020
Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente [MOOC]
« Vous prenez des notes et vous voulez vous y retrouver ? Vous faites des calculs sur ordinateur et vos résultats…15.10.2020
How research can be shared effectively to advance science: insights from the Center for Open Science
« In recent years there has been increasing support for data sharing and transparency within scientific publishing to improve the quality…13.10.2020
Towards FAIR protocols and workflows: the OpenPREDICT use case
« It is essential for the advancement of science that researchers share, reuse and reproduce each other’s workflows and protocols. The…27.08.2020
Creating an executable paper is a journey through Open Science
« Executable papers take transparency and openness in research communication one step further. In this comment, an early career researcher reports…25.08.2020
Welcome to a new ERA of reproducible publishing
« New open-source technology lets eLife authors publish Executable Research Articles that treat live code and data as first-class citizens.elifesciences.org, Emmy Tsang, Giuliano Maciocci, 24 août 2020
13.05.2020
Advancing computational reproducibility in the Dataverse data repository platform
« Recent reproducibility case studies have raised concerns showing that much of the deposited research has not been reproducible. One of…20.04.2020
EPRIST – La recherche en crise de reproductibilité ? (.pdf)
« La plupart des recherches scientifiques sont fausses. Telle est la conclusion provocatrice d’un article célèbre de PLOS initialement publié en…20.03.2020
A Realistic Guide to Making Data Available Alongside Code to Improve Reproducibility
« (…) This paper provides practical, actionable advice on how to actually share data alongside research. The key message is sharing…arxiv.org, Nicholas J Tierney, Karthik Ram, 6 février 2020, arXiv:2002.11626v1
28.02.2020
Lego: Metadata for reproducibility
« What information might you need to be able to make sense of your research in 6 months… 3 years…10 years?…13.02.2020
Curated Archiving of Research Software Artifacts : lessons learned from the French open archive (HAL)
« Software has become an indissociable support of technical and scientific knowledge. The preservation of this universal body of knowledge is…24.01.2020
Org mode, un compagnon de route pour les adeptes de data science et de recherche reproductible
« En très peu de mots, Org mode pourrait être présenté comme le cousin germain des Jupyter…22.01.2020
« 10 Years Reproductibility Challenge » : pour l’amour du code pérenne
« Seriez-vous capable de faire fonctionner aujourd’hui le code que vous avez créé pour des recherches menées il y a dix…21.01.2020
Note d’opportunité sur la valorisation des logiciels issus de la recherche. Groupe Projet « Logiciels libres et open source » Comité pour la Science Ouverte
« Le logiciel est un objet hybride au sein de la recherche, dont il est à la fois moteur (comme outil),…14.01.2020
Hackathon Software Heritage : référencer, préserver et valoriser le code source des logiciels scientifiques (mardi 31 mars 2020, INRIA – Talence)
« Objectifs Archiver et référencer du code source en vue d’une recherche plus reproductible Partager et valoriser du code source en…10.01.2020
CODECHECK: An open-science initiative to facilitate sharing of computer programs and results presented in scientific publications
« (…) We are building a computational platform, called CODECHECK (http://www.codecheck.org.uk), to enhance the availability, discovery and…08.01.2020
Seven Easy Steps to Open Science – An Annotated Reading List
« (…) This paper provides an introduction to open science and related reforms in the form of an annotated reading list…03.12.2019
Publishers’ Responsibilities in Promoting Data Quality and Reproducibility
« Scholarly publishers can help to increase data quality and reproducible research by promoting transparency and openness. Increasing transparency can be…20.11.2019
Uses and Reuses of Scientific Data: The Data Creators’ Advantage
« Open access to data, as a core principle of open science, is predicated on assumptions that scientific data can be…hdsr.mitpress.mit.edu, Irene V. Pasquetto, Christine L. Borgman, Morgan F. Wofford, 15 novembre 2019
15.11.2019
Dialogu’IST, un 8e atelier le 3 décembre 2019
« Le groupe de travail Dialogu’IST du réseau Renatis vous donne rendez-vous 3 décembre de 13h à 17h pour un nouvel…19.09.2019
Alan Turing Institute – The Turing way
« The Turing Way is a lightly opinionated guide to reproducible data science. Our goal is to provide all the…17.09.2019
Reproducible Research through Containerisation: Docker and Singularity
« A container image is a lightweight, standalone, executable package of software that includes everything needed to run an application: code,…github.com, Eurotech Summer School, EPFL, Lausanne, Switzerland, Rachael Ainsworth, 5 septembre 2019
07.08.2019
Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité
« Les auteurs du compte rendu se focalisent sur les solutions proposées par les intervenants de la journée d’étude du 29…30.07.2019
Lancement du premier laboratoire public au monde de certification de la reproductibilité de la recherche scientifique
« HEC Paris, l’Université d’Orléans et le CNRS lancent CASCaD, Certification Agency for Scientific Code and Data, le seul laboratoire public…04.06.2019
Le book sprint challenge : 3 jours, 5 auteurs pour rédiger un manuel en français sur la reproductibilité de la recherche
« (…) Cet ouvrage considère un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d’illustrer et de mettre en évidence…03.04.2019
Making research results reproducible
« Starting in April of this year, the German Research Foundation (DFG) is supporting a joint project of the Institute for…06.03.2019
Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente [MOOC]
« (…) Ce MOOC est pour vous, doctorant-e-s, chercheur-se-s , étudiant-e-s en master, enseignant-e-s, ingénieur-e-s de toutes disciplines qui souhaitez vous…fun-mooc.fr, Christophe Pouzat, Arnaud Legrand, Konrad Hinsen, 2019
26.02.2019
Introducing eLife’s first computationally reproducible article
« In September 2017 eLife announced the start of the Reproducible Document Stack (RDS) project, a collaboration between Substance, Stencila and…elifesciences.org, Giuliano Maciocci, Michael Aufreiter, Nokome Bentley, 20 février 2019
25.01.2019
Open science, reproducibility, and transparency in ecology
« Reproducibility is a key tenet of the scientific process that dictates the reliability and generality of results and methods. The…esajournals.onlinelibrary.wiley.com, Stephen M. Powers, Stephanie E. Hampton, 2018
05.09.2018
Evaluating the replicability of social science experiments in Nature and Science between 2010 and 2015
« Being able to replicate scientific findings is crucial for scientific progress. We replicate 21 systematically selected experimental studies in the…31.08.2018
The Landscape of Open Data Policies
« Transparency is essential for scientific progress. Access to underlying data and materials allows us to make progress through new discoveries…27.08.2018
Towards a culture of open science and data sharing in health and medical research
« This thesis investigated the factors that contribute to the cultural shift towards open science and data sharing in health and…08.08.2018
Open science, research indicators and reproducibility
« There’s been a flurry of reports and announcements on open science over the last few weeks. (…) At July’s Coalition…25.09.2017
Émission La Méthode scientifique, Michèle Leduc (COMETS)
« Publications : pourquoi les chercheurs ont-ils tant de mal à se reproduire ? Depuis quand la reproductibilité est elle un critère fondamental…07.06.2016